産学官共同研究 Joint research

1979年

大阪市立大学大学院工学研究科博士課程修了（工学博士）

1979-1984年

東亜合成化学工業株式会社（現・東亜合成株式会社）

1984-1989年

九州大学遺伝情報時実験施設（現・生体防御医学研究所遺伝情報実験センター）助手

1987-1990年

米国スクリプス研究所およびカリフォルニア大学サンディエゴ校　リサーチアソシエイト

1990-1991年

九州大学遺伝情報時実験施設（現・生体防御医学研究所遺伝情報実験センター）助手

1991-1998年

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター　助教授

1998-2002年

理化学研究所　ゲノム科学総合研究センター　チームリーダー

2002-2006年

北里大学北里生命科学研究所　教授

2006-2015年

東京大学大学院新領域創成科学研究科　教授（オーミクス情報センター センター長）

2015-2020年

早稲田大学理工学術院先進理工学研究科　教授

2015-2020年

慶應義塾大学医学部　特別招聘教授

2017-2020年

理化学研究所　生命医科学研究センター チームリーダー

2015年-

東京大学名誉教授

2020年-

理化学研究所　生命医科学研究センター 客員主管研究員

2020年-

早稲田大学理工学術院　招聘研究員

2023年-

順天堂大学大学院医学研究科　特任教授

1. 1. Hattori M et al., The DNA sequence of human chromosome 21. Nature 405: 311-319 (2000).
2. 2. Omura S et al., Genome sequence of an industrial microorganism Streptomyces avermitilis: Deducing the ability of producing secondary metabolites. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98: 12215-12220 (2001).
3. 3. Arumugam M et al., Enterotypes of the human gut microbiome. Nature 473: 174-180 (2011).
4. 4. Atarashi K et al., Treg induction by a rationally selected mixture of Clostridia strains from the human microbiota. Nature 500: 232-236 (2013).
5. 5. Atarashi K et al., Th17 Cell Induction by Adhesion of Microbes to Intestinal Epithelial Cells. Cell 163: 367-380 (2015).
6. 6. Nishijima S et al., The gut microbiome of healthy Japanese and its microbial and functional uniqueness. DNA Res 23: 125-133 (2016).
7. 7. Costea PI et al., Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies. Nat Biotechnol 35: 1069–1076 (2017).
8. 8. Atarashi K et al., Ectopic colonization of oral bacteria in the intestine drives TH1 cell induction and inflammation. Science 358: 359–365 (2017).
9. 9. Sato Y et al., Novel bile acid biosynthetic pathways are enriched in the microbiome of centenarians. Nature 599: 458-464 (2021).
10. 10. Nagata N et al., Population-level Metagenomics Uncovers Distinct Effects of Multiple Medications on the Human Gut Microbiome. Gastroenterology 163: 1038-1052 (2022).

• DNAシークエンス技術開発
• ヒトゲノム反復配列L1の研究
• 炎症性タンパク質遺伝子発現機構の解明
• ヒトゲノムプロジェクト（１１, １８, ２１番染色体）
• 微生物ゲノム研究
• ヒトマイクロバイオーム研究

1979年

大阪大学大学院 医学研究科 博士課程（薬理学専攻）修了（医学博士）

1979年

大阪大学 医学部 助手（薬理学担当）

1982年

アメリカ合衆国テキサス大学留学

1984年

大阪大学 医学部 講師（薬理学担当）

1985年

長崎大学薬学部 薬科学科 助教授（薬品生物化学担当）

1999年

九州女子大学 家政学部 家政学科 管理栄養士専攻 教授

2004年

長崎国際大学 健康管理学部 健康栄養学科 教授

2006年

長崎国際大学　薬学部　薬学科　教授・学科長

2014年

長崎国際大学　薬学部　学部長

2018年

長崎国際大学　大学院　薬学研究科長

2020年

長崎国際大学　名誉教授・特任教授・・・現在に至る。

• ・Complete amino acid sequence of mitochondrial aspartate aminotransferase from pig heart muscle (Cynogen bromide peptide). J. Biol. Chem. 255, 6144-6152 (1980)　Sakakibara, R. Kagamiyama, H. Tanase, S. Morino, Y. Wada, H.
• ・Synthesis of glutamic oxaloacetic transaminase isozymes in rat liver cells. Biochem.Biophys. Res. Commun. 104, 806-813 (1982) Sakakibara, R. Takemura, Y. Kamisaki, Y. Horio, Y. Wada, H.
• ・Limited proteolysis and photoaffinity labeling with 8-azide-ATP of fructose-6-phosphate,　2-kinase and fructose-2,6 -bisphosphatase. J. Biol. Chem. 259, 8366-8371 (1984) Sakakibara, R. Kitajima, S. Uyeda, K.
• ・Cloning of cDNA encoding for a novel isozyme of fructose 6-phosphate, 2-kinase/fructose 2,6-bisphosphatase from human placenta. J. Biochem. 119, 506-511 (1996) Sakai, A. Kato, M. Fukasawa, M. Ishiguro, M. Furuya, E. Sakakibara, R.
• ・Characterization and preliminary purification of the anti-cancer component in the fermented products cultivated from soybean milk using lactic acid bacteria. Saito Ho-on Kai Mus. of Nat. Hist., Res. Bull., 73, 17-21 (2008) Nodake, Y., Ogasawara M., Honda H., Fukasawa M, and Sakakibara R.
• ・Pilot study on novel skin care method by augmentation of Staphylococcus epidermidis, an autologous skin microbiota-A blinded randomized clinical trial. J. Dermatol. Sci., 79, 119-126 (2015). Miura R., Honda H., Ishibashi G., Matsumoto S., Dekio I., Sakakibara R.
• ・Improvement of lipid metabolism and ovalbumin-induced type I allergy by use of soybean milk fermented by 16 indigenous lactic acid bacteria. J. Food Nutr. Sci. 4, 113-119 (2016) Nodake Y., Miura R., Ryoya H., Momii R., Toda S., Sakakibara R.
• ・Improvement in High-fat Diet-induced Obesity and Insulin Resistance upon Uptake of PS-B1, a Fermented Product Prepared from Soy Flour Using Lactic Acid Bacteria J. Food Nutrition Sciences 8（４）：81-88（2020）Yamaguchi*, Marie Iwanaga-Suehiro, Kyoko Fujimoto, Masashi Fukasawa, Ryuzo Sakakibara
• ・Evaluation of Fermented Product, PS-B1, Obtained from Soybean Milk Using Lactic Acid Bacteria in a Stelic Animal Model (STAM™) of Nonalcoholic Steatohepatitis – A Preliminary Study. Int. J. Probiotics and Prebiotics 15, 45-51(2020) Fukasawa M., Nodake Y., Kawatsu R., Honda H., Yamaguchi K., and Sakakibara R.

• ・豆乳の乳酸菌発酵ろ液塗布による薄毛症状の改善効果（第1報）　皮膚と美容、51　147-154（2019）
• ・乳酸菌発酵ろ液PS-B1服用による排便および便の性状、肌質に対する影響　日本食生活学会誌 、30 111-122（2020）山口恭志郎、松本菜季、渕上太郎、本多英俊、榊原隆三

１．タンパク質・酵素の構造と機能に関する研究
■ミトコンドリア型アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼの構造決定とミトコンドリアへの輸送メカニズム
■ホスホフルクトキナーゼ（PFK1）の活性調節と二機能性酵素フルクトース-6-リン酸、2-キナーゼ/フルクトース-2,6-ビスホスファターゼ（PFK2）の性質：解糖系調節の仕組み
■ヒト胎盤型ゴナドトロピンhCGの生合成と細胞内プロセシング：糖タンパク質ホルモンの生合成の仕組み
■妊婦尿に存在するユニークなタンパク質因子の同定
■環境ホルモン影響評価法の開発
２．ヒトに共棲する有用菌の利用に関する研究
■乳酸菌生産物質PS-B1（バイオジェニクス）の可能性：PS-B1の抗がん作用、肝保全作用、脂質代謝改善作用、アレルギー軽減作用、発毛促進作用等に関するエビデンスの獲得
■美肌菌の利用：美肌菌戻しによるスキンケア効果に関すエビデンスの獲得

（Nutrient Library 30「乳酸菌生産物質の秘密：健全な腸内フローラが健康を作る。乳酸菌生産物質に秘められた無限の可能性」(栄養書庫)改変）

1999年

慶應義塾大学医学部 卒業

1999年

慶應義塾大学病院 皮膚科研修医

2006年

慶應義塾大学医学研究科博士課程（皮膚科学） 修了

2006年

国立病院機構東京医療センター 皮膚科

2008年

島根大学医学部 皮膚科 講師

2010年

英国イングランド公衆衛生局微生物部 訪問研究員

2013年

東京女子医科大学東医療センター 皮膚科 講師

• 皮膚細菌叢のDNAを用いた網羅解析を世界で初めて報告（2005）
• アクネ桿菌が嫌気環境で炎症関連タンパク（CAMP因子）を放出し、にきびの発症に関わる可能性を報告（2013）
• 凍結乾燥表皮ブドウ球菌を含む化粧品をバイオジェノミクス社との産学連携にて開発（2013）
• アクネ桿菌に病原性に関わる亜種があることを発見（2015）
• アクネ桿菌の姉妹菌種Cutibacterium modestumを発見（2020）

皮膚細菌学、にきび、アトピー性皮膚炎

「化粧水やめたら美肌菌がふえた！: こんなにも素肌美人になれる最新スキンケア」河出書房新社、2018

2010年

千葉大学大学院園芸学研究科　博士後期課程修了　（農学博士）

2010年

東京大学大学院　新領域創成科学研究科　特任研究員

2014年

慶應義塾大学　医学部　微生物学免疫学研究室　助教

2015年

慶應義塾大学　医学部　微生物学免疫学研究室　講師

2017年

理化学研究所　生命医科学研究センター　マイクロバイオーム研究チーム　研究員

2018年~

理化学研究所　生命医科学研究センター　マイクロバイオーム研究チーム　副チームリーダー（兼務）

2023年8月~現在

理化学研究所　生命医科学研究センター　共生微生物叢研究チーム　チームリーダー（本務）

1. 1. Aiyoshi T, Kakihara T, Watanabe E, Tanaka N, Ogata Y, Masuoka H, Kurokawa R, Fujishiro J, Masumoto K, Suda W.:
   "A comprehensive microbial analysis of pediatric patients with acute appendicitis."
   J. Microbiol. Immunol. Infect. S1684-1182(23)00074-9 (2023)
2. 2. Kawamoto S, Uemura K, Hori N, Takayasu L, Konishi Y, Katoh K, Matsumoto T, Suzuki M, Sakai Y, Matsudaira T, Adachi T, Ohtani N, Standley DM, Suda W, Fukuda S, Hara E.:
   "Bacterial induction of B cell senescence promotes age-related changes in the gut microbiota."
   Nat. Cell Biol. 25(6):865-876 (2023)
3. 3. Nagata N, Takeuchi T, Masuoka H, Aoki R, Ishikane M, Iwamoto N, Sugiyama M, Suda W, Nakanishi Y, Terada-Hirashima J, Kimura M, Nishijima T, Inooka H, Miyoshi-Akiyama T, Kojima Y, Shimokawa C, Hisaeda H, Zhang F, Yeoh YK, Ng SC, Uemura N, Itoi T, Mizokami M, Kawai T, Sugiyama H, Ohmagari N, Ohno H.:
   "Human Gut Microbiota and Its Metabolites Impact Immune Responses in COVID-19 and Its Complications."
   Gastroenterology 164(2):272-288. (2023)
4. 4. Furuhashi H, Takayasu L, Isshi K, Hara Y, Ono S, Kato M, Sumiyama K, Suda, W.:
   "Effect of storage temperature and flash-freezing on salivary microbiota profiles based on 16S rRNA-targeted sequencing."
   Eur. J. Oral Sci., 130(2), e12852 (2022)
5. 5. Li Y, Watanabe E, Kawashima Y, Plichta DR, Wang Z, Ujike M, Ang QY, Wu R, Furuichi M, Takeshita K, Yoshida K, Nishiyama K, Kearney SM, Suda W, Hattori M, Sasajima S, Matsunaga T, Zhang X, Watanabe K, Fujishiro J, Norman JM, Olle B, Matsuyama S, Namkoong H, Uwamino Y, Ishii M, Fukunaga K, Hasegawa N, Ohara O, Xavier RJ, Atarashi K, Honda K.:
   "Identification of trypsin-degrading commensals in the large intestine."
   Nature 609(7927):582-589 (2022)
6. 6. Kiguchi Y, Nishijima S, Kumar N, Hattori M, Suda W.:
   "Long-read metagenomics of multiple displacement amplified DNA of low-biomass human gut phageomes by SACRA pre-processing chimeric reads."
   DNA Res. 28(6):dsab019 (2021)
7. 7. Masuoka H, Suda W, Tomitsuka E, Shindo C, Takayasu L, Horwood P, Greenhill AR, Hattori M, Umezaki M, Hirayama K.:
   "The influences of low protein diet on the intestinal microbiota of mice."
   Sci Rep. 10(1):17077 (2020)
8. 8. Miyauchi E, Kim SW, Suda W, Kawasumi M, Onawa S, Taguchi-Atarashi N, Morita H, Taylor TD, Hattori M, Ohno H.:
   "Gut microorganisms act together to exacerbate inflammation in spinal cords."
   Nature 585(7823):102-106 (2020)
9. 9. Takewaki D, Suda W, Sato W, Takayasu L, Kumar N, Kimura K, Kaga N, Mizuno T, Miyake S, Hattori M, Yamamura T.:
   "Alterations of the gut ecological and functional microenvironment in different stages of multiple sclerosis."
   Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 117(36):22402-22412 (2020)
10. 10. Suzuki Y, Nishijima S, Furuta Y, Yoshimura J, Suda W, Oshima K, Hattori M, Morishita S.:
    "Long-read metagenomic exploration of extrachromosomal mobile genetic elements in the human gut."
    Microbiome 7(1):119 (2019)

メタゲノミクスと呼ばれる、腸内微生物叢の全ゲノムを網羅的に解析する技術を主幹として、腸内微生物叢と疾患や健康維持の関連性を探求を行っている。